INTRODUCCION: La Enfermedad de Chagas es crónico-silenciosa y mortal causada por Trypanosoma cruzi protozoario transmitido principalmente por un artrópodo hematófago, triatomino. Se estiman12 mil  muertes anuales en América Latina y Morelos reporta una incidencia de 54 casos anuales ocupando el segundo lugar a nivel nacional. La segunda causa de transmisión es la transfusión sanguínea. Para establecer un diagnóstico presuntivo se utiliza la prueba de tamizaje tipo ELISA. Ésta depende del título de anticuerpos detectables. Eventualmente, una persona podría encontrase en periodo de ventana, serológicamente negativo y potencialmente infectante. OBJETIVO: Determinar la presencia de T. cruzi en donantes de sangre de la región oriental del estado de Morelos por métodos moleculares. METODOLOGÍA: Detección de T. cruzi mediante PCR punto final con los iniciadores TcS35 y TcS36 en 204 donantes de sangre seronegativos (ARCHITECT-Chagas) y secuenciación del amplicón con los iniciadores Tcz1 y Tcz2 de una muestra seropositiva-PCR-positiva. RESULTADOS: 24% del total de muestras mostraron un patrón de bandas similar al del control positivo. La secuencia tiene homología del 100% con la cepa TCII-C de T. cruzi. CONCLUSIONES: El porcentaje de positividad por PCR en donantes seronegativos es superior al reportado por el tamizaje tipo ELISA, por lo que importante incluir el método de detección molecular en el escrutinio del donante en los bancos de sangre de México y América Latina. En este comunicado se da a conocer el primer reporte del linaje II de T. cruzi circulando entre los habitantes de Morelos, México.